南京大学高等教育研究所始于1982年设立的教务处高等教育研究室，1986年高教室升格为系所级建制，1987年更名为高等教育研究所。1993年获得高等教育学硕士点。2002年成立教育科学与管理系，高教所作为校级研究所仍然保留。高教所现有张红霞教授、王运来教授、余秀兰教授（现任所长）、曲铭峰副教授、王世岳副教授、施悦琪博士、冯沁雪博士、王晶晶博士8位专任教师。研究所承担高等教育学专业的硕士与博士研究生及相关人才培养工作；长期关注高等教育领域的基本理论与重大现实问题，研究领域包括高等教育原理、陶行知教育思想、院校研究、高等教育史、比较高等教育、高等教育与社会、科学教育、教育心理等，近年来特别在教育公平、院校发展史、一流本科教育、德国与美国教育思想等方面产生系列高质量研究成果。
